Първоначално целта на инквизицията е била следната - да изкорени ереста. А инквизиторите уж не са искали нищо друго. За да изкоренят ереста обаче, те трябвало да изкоренят еретиците. И за да бъдат изкоренени еретиците, е необходимо също така да бъдат изкоренени техните поддръжници и защитници.
Това може да се направи, според учението на църквата от онези времена, по два начина:
- да се обърнем към истинската вяра (католицизъм);
- изпепели телата на еретиците.
Инквизицията използва и двата метода. Често по едно и също време.
Предварително разследване
Тази процедура започна незабавно след заподозрение на лице в ерес, която може да се основава на всякакви доноси. Освен инквизитора, на предварителното разследване винаги са присъствали секретар и двама монаси. Тяхната роля беше да надзирават показанията и да гарантират, че показанията са записани правилно.
Самото разследване се състоеше само от едно просто действие: поканените свидетели бяха интервюирани по темата за денонсирането, за да разберат дали са съгласни с това. И ако поне един от свидетелите потвърди съгласието си, заподозреният в ерес е арестуван.
Разпит и съдебен процес
Разпитът, основан на използването на доста жестоки изтезания (багажник, „испански ботуш“, изтезания с вода и т.н.), беше насочен само към една цел - признание. И ако човек не можеше да издържи и да признае поне една от ересите, които му се вменяват, тогава той автоматично става виновен за всички останали.
И освен това еретикът вече не можеше да се защитава след признанието: смяташе се, че престъплението му е доказано. След това инквизиторите се интересували само от едно - дали обвиняемият искал да се отрече от ереста. Ако той се съгласи, църквата се помири с него след налагането на епитимията. Ако отказваше, го отлъчваха.
И в двата случая еретикът е предаден на светския съд заедно с копие от присъдата и следната фраза: „нека бъде наказан според своите пустини“, което всъщност означава, разбира се, смърт.
Auto-da-fe
При това положение на нещата светският съд беше само формалност, след което еретикът беше изпратен на кладата. Инквизиторите, като служители на църквата, самите те не можеха да осъдят на смърт и затова дадоха този скръбен дълг на светските власти.
Обвиняемият, ако се отрече от ерес, получи последната милост - палачът го удуши със специално въже преди избухването на пожара. Този, който упорстваше в ерес, изгоря жив.